فقد حُذِّر يوحنا هيركانوس،‏ ابن سمعان الذي بقي على قيد الحياة،‏ من محاولة اغتياله.‏ فقبض على الذين كانوا سيغتالونه واستولى على الحكم ورئاسة الكهنوت مكان ابيه.‏

التوسع والقمع اللاحقان

في البداية،‏ كانت القوات السورية تشكِّل خطرا كبيرا على يوحنا هيركانوس،‏ ولكن في سنة ١٢٩ ق‌م،‏ خسرت السلالة السلوقية معركة حاسمة مع الفرثيين.‏ كتب العالِم اليهودي منحيم ستيرن عن تأثير هذه الحرب على السلوقيين:‏ «انهارت فعليا بنية المملكة».‏ وهكذا «تمكن [هيركانوس] من استعادة استقلال اليهودية السياسي الكامل والبدء بالتوسع في عدة اتِّجاهات».‏ وبالفعل،‏ نجح في توسيع حدود منطقة سيطرته.‏

وإذ لم يعد يعيقه الآن التهديد السوري،‏ ابتدأ يغزو مقاطعات خارج اليهودية ويخضعها.‏ وكان على السكان الاهتداء الى اليهودية وإلا فإن مدنهم تُدمَّر.‏ وكانت احدى هذه الحملات على الادوميين.‏ علَّق ستيرن على ذلك قائلا:‏ «ان اهتداء الادوميين كان الاول من نوعه،‏ لأنه كان اهتداء عرق بكامله وليس اهتداء بعض الافراد».‏ وكانت السامرة احدى المناطق الاخرى التي أُخضعَت،‏ حيث دمَّر هيركانوس هيكل السامرة الواقع على جبل جرزيم.‏ كتب المؤرخ سولومون ڠرايزل،‏ معبِّرا عما تتضمنه سياسة الاهتداء بالاكراه هذه التي اتَّبعتها السلالة الحشمونية من سخرية:‏ «ها هو حفيد متتيا [ابي يهوذا المكابي] ينتهك المبدأ نفسه —‏ الحرية الدينية —‏ الذي دافع عنه الجيل السابق ببسالة».‏

ظهور الفريسيين والصدوقيين

يأتي يوسيفوس على ذكر التأثير المتزايد للفريسيين والصدوقيين وهو يكتب عن حكم هيركانوس.‏

يروي يوسيفوس ان يوحنا هيركانوس كان في البداية تلميذا وداعما للفريسيين.‏ لكنهم وبَّخوه في وقت لاحق على عدم تخليه عن رئاسة الكهنوت،‏ مما ادى الى تحوّل جذري في موقفه.‏ فقد حرَّم طقوس الفريسيين الدينية.‏ وكعقاب اضافي،‏ ناصر الصدوقيين،‏ الخصوم الدينيين للفريسيين.‏