كان كثيرون من تلاميذه آنذاك في صراع مع مسائل فلسفية معاصرة.‏ ولمساعدتهم،‏ قام اوريجانس بدرس دقيق لمختلف المدارس الفلسفية التي كانت تصوغ عقول تلاميذه الفتية.‏ وحاول تزويد تلاميذه بأجوبة مقنعة عن اسئلتهم الفلسفية.‏

في محاولة للتوفيق بين الكتاب المقدس والفلسفة،‏ اعتمد اوريجانس كثيرا على التفسير المجازي للاسفار المقدسة.‏ فقد افترض ان الاسفار المقدسة تتضمن دائما معاني روحية،‏ ولكن ليس لكل ما جاء فيها معان حرفية.‏ وكما ذكر احد العلماء،‏ مكّنت طريقة التفكير هذه اوريجانس «ان يعزو الى الكتاب المقدس اية افكار غير مؤسسة عليه تلائم نظامه اللاهوتي الخاص،‏ في حين اعلن (‏اذ تصوَّر بإخلاص دون شك)‏ نفسه مفسّرا غيورا وأمينا لأفكار الكتاب المقدس».‏

ثمة رسالة كتبها اوريجانس لأحد تلاميذه تساعدنا على فهم تفكيره.‏ لقد اشار اوريجانس الى ان الاسرائيليين صنعوا آنية هيكل يهوه من ذهب مصري.‏ واستنبط من ذلك دعما مجازيا لاستخدامه الفلسفة اليونانية في تعليم المسيحية.‏ كتب:‏ «كم كانت نافعة لبني اسرائيل الأشياء التي جلبوها من مصر،‏ التي لم يستعملها المصريون بشكل لائق انما استخدمها العبرانيون لخدمة اللّٰه بتوجيه من الحكمة الإلهية!‏».‏ لذلك شجّع اوريجانس تلميذه ان «يأخذ من الفلسفة اليونانية دروسا ذات طابع عام،‏ دروسا من شأنها ان تعدّ لفهم المسيحية».‏

ان هذا الاسلوب غير المقيَّد في تفسير الكتاب المقدس جعل من الصعب التمييز بين العقيدة المسيحية والفلسفة اليونانية.‏ على سبيل المثال،‏ وصف اوريجانس يسوع في كتابه المبادئ الأولى (‏باللاتينية)‏ بأنه ‹الابن الوحيد المولود انما لا بداية له›.‏ وأضاف:‏ ‹ان انبثاقه من الآب هو انبثاق ازلي ابدي.‏ ولم يصبح ابنا بنيله نسمة الحياة —‏ بواسطة عمل خارجي —‏ بل بفعل جوهر اللّٰه الخاص›.‏

لم يؤسس اوريجانس هذه الفكرة على الكتاب المقدس،‏ اذ تعلِّم الاسفار المقدسة ان الابن الوحيد ليهوه هو «بكر كل خليقة» و «بداية خليقة اللّٰه».‏ (‏كولوسي ١:‏١٥؛‏ كشف ٣:‏١٤‏)‏ وفي رأي المؤرِّخ الديني اوغسطس نياندر،‏ توصّل اوريجانس الى فكرة «الانبثاق الازلي» من خلال «ثقافته الفلسفية في المدرسة الافلاطونية».‏ وهكذا انتهك اوريجانس مبدأ رئيسيا للاسفار المقدسة:‏ «لا تتجاوزوا ما هو مكتوب».‏ —‏ ١ كورنثوس ٤:‏٦‏.‏

بمزج تعاليم الكتاب المقدس بالفلسفة اليونانية،‏ انتشرت الاخطاء في لاهوت أوريجانس الخاص،‏ الامر الذي جلب عواقب وخيمة على العالم المسيحي.‏ على سبيل المثال،‏ رغم ان معظم نظريات اوريجانس غير المثبَّتة رُفِضت لاحقا،‏ فقد ساعدت آراؤه حول «الانبثاق الازلي» للمسيح على تأسيس عقيدة الثالوت المخالفة للكتاب المقدس.‏ يذكر كتاب كنيسة القرون الثلاثة الاولى (‏بالانكليزية)‏:‏ «ان الميل الى الفلسفة [الذي ادخله اوريجانس] قُصِد ان يبقى فترة طويلة».‏ وبأية نتيجة؟‏ «جرى الانحراف عن بساطة الايمان المسيحي،‏ وتدفقت اخطاء لا تحصى الى الكنيسة».‏