اما في ما يتعلق بالدين،‏ فتختلف الصورة تماما.‏ فقد آمن المايا بتعدد الآلهة،‏ كإله الشمس والقمر والمطر والذرة وغيرها.‏ وكان كهنتهم يواظبون على رصد النجوم.‏ كما شملت عبادتهم تشويه الذات،‏ اراقة الدم الشعائرية،‏ استخدام البخور والتماثيل،‏ وتقديم الذبائح البشرية مثل السجناء والعبيد وخصوصا الاولاد.‏

يذكر كتاب المايا —‏ ٣٠٠٠ سنة من الحضارة (‏بالانكليزية)‏:‏ «يبجل شعب المايا آلهة الطبيعة القديمة وأسلافهم في الحقول،‏ الكهوف،‏ والجبال .‏ .‏ .‏ وفي الوقت نفسه يعبدون القديسين في الكنيسة».‏ فالاله قويتزالكواتل (‏او كوكولكان)‏ يماثل يسوع،‏ وإلهة القمر تماثل مريم العذراء.‏ كما استُبدلت عبادة شجرة السِّيبة المقدسة بعبادة الصليب.‏ فالمايا لا يزالون حتى اليوم يسقون الصليب كما لو انه شجرة حية ويزينونه بأزهار شجرة السِّيبة عوض ان يعلّقوا عليه تمثال يسوع.‏