几天后，埃姆林就离开了爱尔兰的都柏林，前往英格兰。不过，10个星期后他又回到都柏林，打算先在那里处理好一些私人事务，再搬到伦敦定居。在都柏林逗留期间，他出版了《考查耶稣基督事迹的心得》一书，为自己的观点辩护。在这本书中，他根据圣经提出了确凿的理由，解释耶稣为什么不可能是至高的上帝。此举触怒了都柏林教堂的信众。于是，埃姆林被正式起诉。

埃姆林被逮捕后，于1703年6月14日在都柏林的法院受审。埃姆林在他所著的《审讯的真实纪录》一书中说，他之所以被起诉，是“因为撰写和出版了一本书；起诉书说［他］在书里亵渎上帝，邪恶地主张耶稣基督跟父上帝不是平等的”。事实上，这是一场极不公平的审讯。当时，爱尔兰圣公会的七个主教跟法官一起主持审讯，他们不许埃姆林自辩。