第二次世界大战袭卷欧洲，从荷兰运送书刊到印尼的安排因而中断。不过，弟兄早就预料会有麻烦，因此小心地在雅加达找了一间广告公司，透过他们来印刷杂志。第一期印尼语的《安慰报》（现在的《警醒！》杂志）在1939年1月问世，紧接着又发行印尼语的《守望台》。弟兄们买了一台小型印刷机，开始自己印刷杂志。1940年，他们获得一台从澳大利亚运来的平台印刷机，就自筹经费，用来印刷印尼语与荷兰语的册子和杂志。

到了1941年7月28日，当局终于全面禁止守望台社的出版物。琴恩·德尚回忆说：“有天早上，我在办公室里打字，突然有三个警察和一个资深的荷兰警官闯进来，警官穿戴整齐，配备徽章、白手套、配剑和羽毛帽子。我们并不惊讶，因为三天前就有来自内部的情报，通知我们书刊快要被禁了。这个警官态度傲慢，先宣读一份冗长的文件，接着要求到印刷间查封我们的出版物。但我丈夫告诉他，他慢了一步，那些书早在前一天就卖光了！”

不过，圣经并没有被禁，所以弟兄们就用圣经继续挨家挨户传道，主持圣经课程。但战火在亚洲一触即发，外国的先驱接获指示，就一一返回澳大利亚了。

1942年初，日军横扫印尼，随后施行高压统治。很多弟兄被迫从事粗重的工作，像是修筑道路或清理水沟，其他人则被囚禁在肮脏的拘留营中，他们因为拒绝支持战争而饱受虐待，结果至少有三位弟兄在狱中丧生。

约翰娜·哈普是一位荷兰姊妹，住在东爪哇山区的一个村庄，因为地处偏远，所以在战争的头两年她逃过一劫，没有被拘禁。她和三个十几岁的儿女把握时机，把《救恩》书及《守望台》杂志从英语翻译成荷兰语。a弟兄姊妹也把这些翻译好的刊物印制出来，然后偷偷运送到爪哇各地。

少数的耶和华见证人仍保有自由，他们分成小组聚会，也小心翼翼地传道。约瑟芬·伊莱亚斯（本姓陈）回忆说：“我总是找机会向人作非正式见证。我会随身带着棋盘去找感兴趣的人，这样别人就会以为我只是想找人下棋。”费利斯·陈和妻子波拉用假装推销肥皂的方式，挨家挨户地传道。费利斯说：“可怕的日本宪兵常派人跟踪我们，为了不让他们起疑，我们会在不同的时段拜访圣经学生。有六个学生进步很快，他们在战争期间都受浸了。”

雅加达的内部分歧

弟兄们努力适应战争期间的种种艰辛，可是，他们即将面对一项严峻的考验。日本当局下令所有外国人（包括印尼籍华人）要办理身分证，但是身分证上印有向日本帝国效忠的誓言，许多弟兄不禁想：“我们应该照政府要求的办理登记，在身分证上签名，还是该拒绝呢？”

费利斯·陈解释说：“雅加达的弟兄要求我们这些在苏加武眉的弟兄姊妹，不可以在身分证上签名。我们询问当局是否能将身分证上的文字，由‘宣誓效忠日军，特此签名’改成‘不会阻碍日军，特此签名’。出乎意料的是，当局竟然同意了，我们就领取了身分证。雅加达的弟兄听到这个消息后，便把我们视为叛道者，毅然与我们断绝关系。”

可悲的是，原先坚持不签名的弟兄，被逮捕后却改变立场，声明放弃信仰。当时，安德烈·伊莱亚斯和一位不愿签名的弟兄都被关在狱中。安德烈说：“为了帮助他有比较平衡合理的看法，我跟他解释身分证登记这件事，后来他谦卑地向我道歉，说他很后悔跟我们断绝来往。我们彼此鼓励，共度了美好的时光。但令我伤心的是，因为监狱环境恶劣，他在拘捕期间不幸过世。”