于是伽利略写了一本书称为《两大世界体系的对话》，却没有遵从教宗的命令保持中立，而是为哥白尼的理论辩护。不久，伽利略的敌人声称这本书藐视教宗。伽利略被指控为异端，甚至要面对酷刑，最后他被迫否认哥白尼的理论。1633年，罗马天主教的宗教法庭把他软禁在佛罗伦萨附近的阿切特里，并禁止人阅读他的著作。1642年1月8日，伽利略在家里去世。