传说穆罕默德本人预见到伊斯兰教会发展成为72个不同教派。但今日有些权威人士声称已有数百派系之多。

两个大教派是什叶派和逊尼派。不过，两者都有很多分支派别。在每100名穆斯林当中，大约有83个是逊尼派，15个是什叶派。其他的则分属各个不同的派别，例如德鲁兹派、黑人穆斯林和印尼的阿班加派，这个教派把伊斯兰教、佛教、印度教和当地的各宗教混合起来。

例如，西方称之为伊斯兰神秘主义的苏菲派(Sufism)在第八和第九世纪出现，迅速发展成为大众的宗教运动。到了12世纪，苏菲派的修道会和兄弟会已广泛散布各处。苏菲派的僧院在重要性上几乎超越清真寺。苏菲派的宗教仪式包括以聚精会神或狂热舞蹈所诱发的自我催眠、诵念信条、相信奇迹和崇拜圣者等。

苏菲派甘愿与当地的习俗和信仰妥协。土耳其人保留他们的萨满教仪式，非洲人保留他们的巫医，印度人保留他们的印度教和印度教之前的圣者和神祇，至于印尼人——正如《新大英百科全书》说——则“在伊斯兰教的仪式之下保留他们在伊斯兰教之前的世界观。”

较近代形成的一个著名教派是19世纪中叶从伊朗的什叶派伊斯兰教发展而成的巴哈教(Baha’i)。另一派是逊尼派的一个分支，称为亚赫默底亚(Aḥmadīyah)，是19世纪后期在印度发起的。当时有一个自命为先知的亚赫默(Mirza Ghulam Ahmad)声称自己是穆罕默德降世，耶稣复临和印度教克里希纳神的化身。他声言耶稣从各各他死里逃生之后去到印度，在那里继续活动，直至120岁才逝世。