两个大教派是什叶派和逊尼派。不过，两者都有很多分支派别。在每100名穆斯林当中，大约有83个是逊尼派，15个是什叶派。其他的则分属各个不同的派别，例如德鲁兹派、黑人穆斯林和印尼的阿班加派，这个教派把伊斯兰教、佛教、印度教和当地的各宗教混合起来。

什叶派这个少数派的特色是相信宗教和古兰经含有奥秘或隐藏的意义。可是，实际上使什叶派与主流派分裂的乃是继承的问题。什叶派（Shiites, 这词的意思是“党派”，所指的是“阿里[‛Alī]的党派”）坚守称为正统主义的信条，声称统治权只属于穆罕默德的表亲兼女婿阿里和阿里的子孙。

阿里和他的子孙是伊玛目(imams)，是拥有绝对属灵权威的领袖。至于曾经有过多少个伊玛目，则言人人殊，可是那称为十二什叶的最大什叶派却相信一共有过12个伊玛目。在公元878年，第十二个伊玛目“隐去”了，那便是说，他应许会在世界末日回来建立一个公平的伊斯兰政府，然后就失了踪。

什叶派的回教徒每年纪念穆罕默德孙儿侯赛因(Husayn)的殉教。作家拉曼(Rahman)评论说：“什叶派的回教徒从小受到教养，对殉教事件十分熟悉，因此很可能养成深刻的悲剧感和不平感，把殉教视为一种理想。”

较近代形成的一个著名教派是19世纪中叶从伊朗的什叶派伊斯兰教发展而成的巴哈教(Baha’i)。