当时法利赛派和撒都该派很有权势，能左右舆论，甚至煽动群众不接纳耶稣是弥赛亚。（马太福音15:1,2；16:1；约翰福音11:47,48；12:42,43）他们虽然很有影响力，《希伯来语经卷》却从没有提过这两群人。

约瑟夫斯叙述公元前2世纪的历史，首次提到撒都该派和法利赛派。

法利赛派和撒都该派出现

约瑟夫斯叙述海尔卡努斯的执政时期，首次指出法利赛派和撒都该派的影响力越来越大。（约瑟夫斯曾经提过约拿单在位期间的法利赛派。）他并没有交代法利赛派的起源。有些学者认为，他们是从哈西德派分化出来的。哈西德是个虔诚宗派，曾支持犹大·马加比为信仰而战。后来犹大对政治有野心，哈西德派就跟他分道扬镳。

有些人认为法利赛派的名称跟“诠释者”一词有关，但普遍的看法是，这个名称源自希伯来词根“分离者”。法利赛派是平民出身的学者，不是什么名门贵族。他们对虔诚有自己的看法。有关圣殿的律法规定祭司要符合圣洁的标准，他们却把这些标准应用在日常事务上，认为这样就能跟不洁的事分离。法利赛派发展出一套解释经文的新方法，形成后世称为口传律法的观念。在西门统治期间，法利赛派有些人受委任做元老会议的议员，影响力越来越大。元老会议就是后来的公议会。

约瑟夫斯指出，海尔卡努斯起初是法利赛派的门生，十分支持这个派别。后来，法利赛派谴责海尔卡努斯不肯放弃大祭司的职位，双方关系从此决裂。海尔卡努斯下令取缔法利赛派的信仰，甚至支持他们的对头撒都该派。