然而，宗教却是马雅文明的阴暗面。马雅人崇拜各种各样的神祇，包括太阳神、月亮神、雨神、玉米神，以及许多别的神。他们的祭司热中于观察星象。马雅人崇拜时会献香、放血、使用偶像、自残身体和献上活人，特别是献囚犯、奴隶或儿童为祭。

西班牙征服者

16世纪初，西班牙人来到中美洲，发现了辉煌一时的马雅文明。这些西班牙征服者有两个目标：第一，夺取土地和财富；第二，使马雅人归信天主教和摆脱野蛮的异教习俗。西班牙人征服马雅人后，真的为马雅人带来了属灵或其他方面的自由吗？

西班牙人和天主教会的教士夺去马雅人的土地，也就是马雅人自古就用刀耕火种法耕种的土地。此后，马雅人的生活变得非常困苦，他们心里也燃起了炽烈的仇恨。另外，西班牙殖民者又霸占了尤卡坦半岛的灰岩坑，也就是当地唯一的水源。除了西班牙政府要马雅人交纳重税，天主教会也要他们每年上缴人头税，男人12.5里亚尔a，女人9里亚尔，这使他们的生活雪上加霜。此外，西班牙人地主还趁机剥削，他们先替马雅人交纳税款给教会，然后强迫马雅人做工来还债，马雅人就变相成了奴隶。

教士每逢为马雅人举行浸礼、婚礼或丧礼等宗教仪式，都会收取费用。就这样，教会通过夺取土地、收取人头税和各种费用，不断从马雅人身上渔利。教士和其他当权者又认为，所有农民天性都迷信无知，马雅人也不例外，因此必须用鞭子加以抽打管教，好除去他们的迷信本质。

没有真正的自由

不论是西班牙人引进的天主教，还是那场种姓战争，都没有为马雅人带来真正的自由。今天，马雅人所奉行的，是一种由罗马天主教和本土传统习俗融合而成的宗教。

谈到现代的马雅人，《马雅文明三千年》（英语）一书说：“马雅人既在原野、洞穴、山林敬奉祖先和自然界的各种力量……又在教堂里崇拜圣人。”在马雅人眼中，羽蛇神库库勒堪就是耶稣，月亮女神也等同圣母马利亚。另外，马雅人虽然以崇拜十字架取代敬奉神圣木棉树，却给十字架浇水，像给树浇水一样。他们的十字架上没有耶稣像，却用了木棉花来装饰。