文化冲突

16至17世纪，西班牙人入侵亚马逊河流域，耶稣会和圣方济各会的传教士也跟着他们的后脚来到，一心要原住民改信天主教。这些传教士画了一些非常详细的地图，打开了欧洲人对亚马逊河流域的好奇心，结果也打开了疾病和毁灭的大门。

例如，1638年，传教士在现在的马纳斯省设立了一个社区。之后，这些传教士把不同部族的原住民聚集在一起，不管他们是否彼此敌视，还强迫他们融入社区。传教士到底为了什么好理由要这样做呢？因为他们觉得这些原住民没知识又落后，就强迫原住民住在社区里，为他们和入侵的西班牙人工作。由于跟欧洲人紧密接触，结果有数以千计的原住民因染上麻疹、天花、白喉和麻风病而死去，还有成千上万的原住民饿死。

不同的宗教团体都设立了这类社区，很多印第安原住民都想逃走，他们起来反抗时杀了很多传教士。在19世纪初期，有一段时期亚马逊河流域只剩下一个传教士。

受巫师和迷信影响

亚马逊河流域的原住民相信，有很多孤魂野鬼一到晚上就会在森林里到处游荡，还有一些鬼灵会使人生病，另外，躲在河里的神也会伺机捉住那些毫无防备的人。秘鲁其中一个大部族是阿瓜伦纳族，这族人会拜五个神，有“战士之父”、“水之父”、“大地之母”、“太阳之父”和“巫师之父”。许多原住民也相信人死后会变成植物和动物，由于他们害怕得罪鬼灵，所以绝对不会猎杀某些动物，就算可以猎杀的动物也会在有需要时才动手。

部落里的巫师（即巫医）负责主持传统的宗教仪式，也处理部落里的大小事。他们会用一些产生幻觉的植物，使人昏昏欲睡，而有些村民无论生病、打猎、种植、还是求问未来，都会向巫师求问。