当时奥利金有不少门生都受哲学问题困扰。他们苦苦思索，还是找不到满意的答案。为了帮助年轻的门生理出个头绪来，奥利金钻研不同派系的哲学思想。他立意要解开门生的思想疙瘩。

奥利金试图使圣经和哲学并行不悖，侧重用寓意释经法。他认为经文寓意深刻，解释不能拘泥于字面意义。一位学者指出，奥利金“随意阐释经文，使不符合圣经的神学理论看似有圣经根据。他自称比别人格外热心讲解圣经，自以为对经文所作的阐释准确可靠”。

我们可以从奥利金写给门生的一封信中洞悉他的想法。奥利金指出，以色列人为耶和华的殿制造器皿，所用的金子其实来自埃及。他拿这个事例做比喻，支持用希腊哲学讲解基督教教义的做法。他说：“从埃及带走的东西，对以色列的儿女很管用。希伯来人有天主的指引，晓得把埃及人不珍惜的东西用来崇拜天主。”奥利金鼓励门生“从希腊哲学中选取合适的课题，作为研究基督教的入门课”。

这种随意阐释圣经的做法，把基督教教义和希腊哲学的界线搞混了。例如，在《论原理》里，奥利金形容耶稣是“独生子，是产生的，却没有起始”。他进一步说：“独生子的产生是超越时间、无始无终的。……他不是因为得到生命的气息才成为圣子，也不是圣父以分割及离异而产生的，而是借天主的本质产生出来。”

奥利金的理论并没有圣经根据，因为圣经说得很清楚，耶和华的独生儿子“在受造的万物中”是“头生子”，是“最先被上帝创造的”。（歌罗西书1:15；启示录3:14）宗教历史家奥古斯都·尼安达指出，奥利金“深入研究柏拉图的哲学思想”，构想出以下的概念：“圣子的产生是超越时间、无始无终的。”奥利金违反了圣经的基本原则：“不可越出经上所记的话。”——哥林多前书4:6。

奥利金把圣经主张跟希腊哲学搀杂在一起，神学理论错谬丛生，对一般教会的信条产生了巨大影响。举例说，奥利金胡乱推断的理论，虽然大部分都为后世所撇弃，他的做法却遗祸非轻。他认为基督的“产生是超越时间、无始无终的”，这个不符合圣经的主张成了三位一体道理的基石。《最初三世纪的教会》评论：“［奥利金鼓吹的］哲学思想，深入人心，不是一朝一夕就能除去的。”结果怎么样？“浅显易明的基督教信仰受到侵蚀，错谬源源不绝地渗进教会的主张。”