此外，约瑟夫斯还提及另一次骚动。彼拉多为了建筑一条水道，好把水从约40公里（25英里）外输送到耶路撒冷，就动用耶路撒冷圣殿宝库的金钱。彼拉多前往耶路撒冷视察时，大群民众聚集起来喧嚷抗议。彼拉多吩咐士兵改装混进群众当中，一有信号发出，就攻击民众，结果有不少犹太人受伤，有些甚至丧生。（《犹太古史》第18卷60-62节［3章2段］；《犹太战记》第2卷175-177节［9章4段］）看来建筑水道的工程终于完成。路加福音13:1提及，加利利人“在献祭的时候，被彼拉多杀害流血”。常有人说，经文所指的就是这次事件。从经文来看，这些加利利人是在圣殿区被杀的。但我们无法确定这个记载跟约瑟夫斯所描述的事件有关，还是指另一件事。不过，既然加利利人是受分封侯希律·安提帕管治，这次流血事件可能加深了彼拉多和希律之间的仇恨，直到耶稣受审的时候才化解。（路23:6-12）

据犹太历史家约瑟夫斯说，彼拉多一开始就触怒了辖下的犹太人民。他差遣罗马士兵，打着有皇帝肖像的军旗在夜间进入耶路撒冷。此举令犹太人大起反感，于是派一个代表团到凯撒里亚去抗议，要求彼拉多除去城中的军旗。讨论了五天之后，彼拉多试图恐吓请愿者，说要将他们处死，但他们也不为所动。彼拉多最后只好无奈让步，应允了他们的要求。（《犹太古史》第18卷55-59节［3章1段］）

约瑟夫斯报道，彼拉多后来因为撒马利亚人向他的顶头上司叙利亚总督维特利乌斯投诉，结果丢了官职。据称有一群撒马利亚人被骗子所愚，聚集在基利心山，想要寻找摩西埋藏在山上的神圣珍宝，可是彼拉多竟将他们杀了，撒马利亚人于是指控彼拉多滥杀无辜。维特利乌斯命令彼拉多到罗马受提比略审讯，并派马尔塞鲁斯接替他做总督。彼拉多还未抵达罗马，提比略就于公元37年去世了。（《犹太古史》第18卷85-87节［4章1段］；第18卷88-89节［4章2段］）