教皇派遣“处理异端”的特别代表前往该地。宗教裁判所（英文Inquisition）遂在镇上设立起来。

宗教裁判所的根源可以追溯到十一和十二世纪，当时反对天主教的异议团体纷纷在天主教的欧洲各地出现。但宗教裁判所是在1184年，由教皇鲁西斯(Lucius)三世在意大利威洛纳宗教会议上正式创立的。由于神圣罗马帝国皇帝腓特烈一世与之合作，教皇遂下诏，任何人若谈论甚或思想与天主教相反的教义，就得被逐出教会和遭受世俗权威的惩罚。主教们受命去搜出（拉丁文：inquirere）相信异端的人。这就是所谓主教宗教裁判所的开始，亦即在主教管辖之下的宗教裁判所。

毒辣的手段

可是，正如事实显示，在罗马眼中，主教们在搜寻离心分子方面尚不够热心。继任的几位教皇遂派出教皇特使，特使们借着西妥教团的僧侣之助，获得授权对异端作出独立的“裁判”。因此有一段时期并存着两种宗教裁判所，称为主教宗教裁判所和使节宗教裁判所，后者比前者手段更加毒辣。

甚至这种残酷的宗教裁判所在教皇英诺森(Innocent)三世看来还以为未足。他在1209年发动十字军去攻打法国南部的异端分子。他们大多数是卡特尔派的教徒(Cathars)，是由摩尼教和变节的诺斯替教混合而成。a由于在阿尔比(Albi)镇居住的卡特尔派教徒特多，他们遂被称为阿尔比人。

攻打阿尔比人的“圣战”在1229年结束，但异端分子尚未全被扑灭。因此在同一年，教皇格列哥里(Gregory)九世在法国南部土鲁斯(Toulouse)的宗教会议上重新策动宗教裁判所。他在每个教区委任多个永久性的裁判者，包括一名教士在内。1231年，他制订一条法律，不肯悔改的异端分子会被判处用火烧死，愿意悔改的则判处终身监禁。

两年之后，在1233年，格列哥里九世减轻了主教们搜寻异端分子的责任。他设立了僧侣宗教裁判所，这种裁判所因委任僧侣为正式裁判者而得名。

教皇认可的酷刑

1252年，教皇英诺森(Innocent)四世颁发通谕，正式批准在宗教裁判所的教会法庭使用酷刑。进一步的用刑细则由教皇亚历山大(Alexander)四世、乌尔班(Urban)四世和克里门(Clement)四世宣布。

初时，教会的裁判者在行刑时是不许在场的，但教皇亚历山大四世和乌尔班四世撤除了这项禁令。因此在行刑室内可以继续“讯问”。同样，本来规定行刑只许一次，但教皇特派的裁判者规避这点，声称重新开庭拷问只是第一次开庭的“延续”而已。

教皇西托斯(Sixtus)四世在1478年批准的西班牙宗教裁判所首先被用来对付马兰奴人（西班牙的犹太人）和摩尔人（西班牙的回教徒）。许多由于恐惧而归信天主教的人受到怀疑是否仍秘密奉行他们本来的宗教。

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教皇英诺森四世下令使用酷刑