到第六世纪，西罗马帝国已垮台。取而代之的是它的东方副本，以君士坦丁堡为首都的拜占庭帝国。但东方和西方教会虽然时常交恶，不久就看出大家正受着一个共同敌人——迅速扩张的伊斯兰版图——所威胁。

东方教会最迟在第七世纪已意识到这点，因为当时回教徒占领了埃及和拜占庭帝国在北非的其他领土。

自1054年东方教长塞鲁拉利斯(Michael Cerularius)与西方枢机主教亨伯特(Humbert)互相把对方逐出教会以来，东西方教会的关系日趋紧张，而十字军则使关系更为恶化。十字军在占领的城市中以拉丁主教取代希腊教士，于是东西方的分裂更蔓延到平民当中。

两个教会的分裂在第四次十字军东征时达到高潮，据前任英国教会坎特伯雷法政会长沃达姆(Herbert Waddams)说，教皇英诺森三世所玩弄的是“两面手法”。在一方面，教皇对劫掠君士坦丁堡一事表示愤怒。（参看第31页的附框。）他写道：“希腊人的教会看见拉丁民族立下作恶的榜样，行为有如魔鬼，使希腊人有充分理由憎恶他们甚于憎恶狗，我们又怎能期望他们再度效忠于罗马教会。”另一方面，教皇利用机会在当地建立一个受西方教长管辖的拉丁王国。

经过两个世纪的连年争战之后，拜占庭帝国已衰弱到无法抵挡土耳其人的大举进攻。在1453年5月29日，土耳其人终于攻陷了君士坦丁堡。倾覆这个帝国的不仅是伊斯兰教的刀剑，帝国在罗马的姊妹教会所挥舞的刀剑也难辞其咎。