这种宗教遗产并没有为这个国家带来和平。战争不但大大影响巴拉圭的发展，也在人民生活上留下了很深的创伤。从1864年至1870年，巴拉圭在弗朗西斯科·索拉诺·洛佩斯领导下，跟巴西、阿根廷和乌拉圭三国交战，结果损失惨重。据现有的记录透露，在战争起头，国内人口可能有100万人或甚至更多。战事结束时，据称全国只剩下22万人，其中至少有19万人是妇孺。之后还有别的战争接踵发生，其中一场战争是由于与玻利维亚争夺查科地区的拥有权而发生的，其他的战争则由政治不稳所引发。因此，在巴拉圭，难怪一般想夺取权力的野心家时常使用暴力去达成自己的目的。

1932年，巴拉圭卷入了另一场战争，这次交战的对手是玻利维亚。国家的人力再次大受打击，国家的经济连带受到影响，从外国前来宣扬好消息的人的安全也受到威胁。