亞歷山大十三歲拜希臘哲學家亞里士多德為師。亞里士多德培養亞歷山大對哲學、醫藥和科學的興趣。至於亞里士多德的哲學主張，對亞歷山大的思想究竟有多大影響，目前還沒有定論。20世紀的哲學家伯特蘭·羅素評論：「說兩者意見一致的地方不多，應該是錯不了的。亞里士多德的政治理念基於希臘的城邦制度，但當時這種制度已日漸式微了。」亞歷山大雄心萬丈，要建立一個中央集權的大帝國，對小城邦政府的觀念自然不感興趣。亞里士多德主張把非希臘人當做奴隸看待，亞歷山大必然也對這個想法抱懷疑態度，因為他要建立一個融合各民族的帝國，使勝利者與被征服的民族和衷共濟、通力合作。

可是，亞歷山大喜歡閱讀和學習，卻肯定是受了亞里士多德的薰陶。亞歷山大畢生喜歡讀書，特別愛讀荷馬的著作。據稱他能背出《伊利亞特》全部1萬5693行詩句。

公元前340年，十六歲的亞歷山大王子不能再接受亞里士多德的教導了，因為他要返回培拉，在父王出外時管治馬其頓。

亞里士多德與他的門生亞歷山大