於是伽利略寫了一本書稱為《兩大世界體系的對話》，卻沒有遵從教宗的命令保持中立，而是為哥白尼的理論辯護。不久，伽利略的敵人聲稱這本書藐視教宗。伽利略被指控為異端，甚至要面對酷刑，最後他被迫否認哥白尼的理論。1633年，羅馬天主教的宗教法庭把他軟禁在佛羅倫薩附近的阿切特里，並禁止人閱讀他的著作。1642年1月8日，伽利略在家裡去世。