當時奧利金有不少門生都受哲學問題困擾。他們苦苦思索，還是找不到滿意的答案。為了幫助年輕的門生理出個頭緒來，奧利金鑽研不同派系的哲學思想。他立意要解開門生的思想疙瘩。

奧利金試圖使聖經和哲學並行不悖，側重用寓意釋經法。他認為經文寓意深刻，解釋不能拘泥於字面意義。一位學者指出，奧利金「隨意闡釋經文，使不符合聖經的神學理論看似有聖經根據。他自稱比別人格外熱心講解聖經，自以為對經文所作的闡釋準確可靠」。

我們可以從奧利金寫給門生的一封信中洞悉他的想法。奧利金指出，以色列人為耶和華的殿製造器皿，所用的金子其實來自埃及。他拿這個事例做比喻，支持用希臘哲學講解基督教教義的做法。他說：「從埃及帶走的東西，對以色列的兒女很管用。希伯來人有天主的指引，曉得把埃及人不珍惜的東西用來崇拜天主。」奧利金鼓勵門生「從希臘哲學中選取合適的課題，作為研究基督教的入門課」。

這種隨意闡釋聖經的做法，把基督教教義和希臘哲學的界線搞混了。例如，在《論原理》裡，奧利金形容耶穌是「獨生子，是產生的，卻沒有起始」。他進一步說：「獨生子的產生是超越時間、無始無終的。……他不是因為得到生命的氣息才成為聖子，也不是聖父以分割及離異而產生的，而是藉天主的本質產生出來。」

奧利金的理論並沒有聖經根據，因為聖經說得很清楚，耶和華的獨生兒子「在受造的萬物中」是「頭生子」，是「最先被上帝創造的」。（歌羅西書1:15；啟示錄3:14）宗教歷史家奧古斯都·尼安達指出，奧利金「深入研究柏拉圖的哲學思想」，構想出以下的概念：「聖子的產生是超越時間、無始無終的。」奧利金違反了聖經的基本原則：「不可越出經上所記的話。」——哥林多前書4:6。

奧利金把聖經主張跟希臘哲學攙雜在一起，神學理論錯謬叢生，對一般教會的信條產生了巨大影響。舉例說，奧利金胡亂推斷的理論，雖然大部分都為後世所撇棄，他的做法卻遺禍非輕。他認為基督的「產生是超越時間、無始無終的」，這個不符合聖經的主張成了三位一體道理的基石。《最初三世紀的教會》評論：「［奧利金鼓吹的］哲學思想，深入人心，不是一朝一夕就能除去的。」結果怎麼樣？「淺顯易明的基督教信仰受到侵蝕，錯謬源源不絕地滲進教會的主張。」