文化衝突

16至17世紀，西班牙人入侵亞馬遜河流域，耶穌會和聖方濟各會的傳教士也跟著他們的後腳來到，一心要原住民改信天主教。這些傳教士畫了一些非常詳細的地圖，打開了歐洲人對亞馬遜河流域的好奇心，結果也打開了疾病和毀滅的大門。

例如，1638年，傳教士在現在的馬納斯省設立了一個社區。之後，這些傳教士把不同部族的原住民聚集在一起，不管他們是否彼此敵視，還強迫他們融入社區。傳教士到底為了什麼好理由要這樣做呢？因為他們覺得這些原住民沒知識又落後，就強迫原住民住在社區裡，為他們和入侵的西班牙人工作。由於跟歐洲人緊密接觸，結果有數以千計的原住民因染上痲疹、天花、白喉和痲瘋病而死去，還有成千上萬的原住民餓死。

不同的宗教團體都設立了這類社區，很多印第安原住民都想逃走，他們起來反抗時殺了很多傳教士。在19世紀初期，有一段時期亞馬遜河流域只剩下一個傳教士。

受巫師和迷信影響

亞馬遜河流域的原住民相信，有很多孤魂野鬼一到晚上就會在森林裡到處遊蕩，還有一些鬼靈會使人生病，另外，躲在河裡的神也會伺機捉住那些毫無防備的人。祕魯其中一個大部族是阿瓜倫納族，這族人會拜五個神，有「戰士之父」、「水之父」、「大地之母」、「太陽之父」和「巫師之父」。許多原住民也相信人死後會變成植物和動物，由於他們害怕得罪鬼靈，所以絕對不會獵殺某些動物，就算可以獵殺的動物也會在有需要時才動手。

部落裡的巫師（即巫醫）負責主持傳統的宗教儀式，也處理部落裡的大小事。他們會用一些產生幻覺的植物，使人昏昏欲睡，而有些村民無論生病、打獵、種植、還是求問未來，都會向巫師求問。