此外，約瑟夫斯還提及另一次騷動。彼拉多為了建築一條水道，好把水從約40公里（25英里）外輸送到耶路撒冷，就動用耶路撒冷聖殿寶庫的金錢。彼拉多前往耶路撒冷視察時，大群民眾聚集起來喧嚷抗議。彼拉多吩咐士兵改裝混進群眾當中，一有信號發出，就攻擊民眾，結果有不少猶太人受傷，有些甚至喪生。（《猶太古史》第18卷60-62節［3章2段］；《猶太戰記》第2卷175-177節［9章4段］）看來建築水道的工程終於完成。路加福音13:1提及，加利利人「在獻祭的時候，被彼拉多殺害流血」。常有人說，經文所指的就是這次事件。從經文來看，這些加利利人是在聖殿區被殺的。但我們無法確定這個記載跟約瑟夫斯所描述的事件有關，還是指另一件事。不過，既然加利利人是受分封侯希律·安提帕管治，這次流血事件可能加深了彼拉多和希律之間的仇恨，直到耶穌受審的時候才化解。（路23:6-12）

據猶太歷史家約瑟夫斯說，彼拉多一開始就觸怒了轄下的猶太人民。他差遣羅馬士兵，打著有皇帝肖像的軍旗在夜間進入耶路撒冷。此舉令猶太人大起反感，於是派一個代表團到凱撒里亞去抗議，要求彼拉多除去城中的軍旗。討論了五天之後，彼拉多試圖恐嚇請願者，說要將他們處死，但他們也不為所動。彼拉多最後只好無奈讓步，應允了他們的要求。（《猶太古史》第18卷55-59節［3章1段］）

約瑟夫斯報導，彼拉多後來因為撒馬利亞人向他的頂頭上司敘利亞總督維特利烏斯投訴，結果丟了官職。據稱有一群撒馬利亞人被騙子所愚，聚集在基利心山，想要尋找摩西埋藏在山上的神聖珍寶，可是彼拉多竟將他們殺了，撒馬利亞人於是指控彼拉多濫殺無辜。維特利烏斯命令彼拉多到羅馬受提比略審訊，並派馬爾塞魯斯接替他做總督。彼拉多還未抵達羅馬，提比略就於公元37年去世了。（《猶太古史》第18卷85-87節［4章1段］；第18卷88-89節［4章2段］）