Wenige Tage später verließ er Irland und reiste nach England. Zehn Wochen danach kam er nach Dublin zurück, um vor seiner endgültigen Abreise nach London noch einiges zu regeln. Während dieser Zeit veröffentlichte er zur Verteidigung seiner Ansichten die Schrift An Humble Inquiry Into the Scripture-Account of Jesus Christ. Darin führte er klare biblische Gründe an, warum Jesus nicht der höchste Gott sein konnte. Das löste in Emlyns ehemaliger Gemeinde in Dublin großen Unmut aus und man erhob Klage gegen ihn.

Emlyn wurde eingesperrt und am 14. Juni 1703 in Dublin vor Gericht gestellt (Queen’s Bench Court). In seiner Schilderung des Prozesses (A True Narrative of the Proceedings) erklärte er, man habe ihm vorgeworfen, ein Buch geschrieben und veröffentlicht zu haben, in dem er „gotteslästerlich und böswillig“ behaupte, dass „Jesus Christus nicht Gott, dem Vater, gleich sei“. Der Prozess erwies sich als Farce. Außer den Richtern saßen noch sieben Bischöfe der Kirche von Irland über ihn zu Gericht. Emlyn wurde verwehrt, etwas zu seiner Verteidigung vorzubringen.