Simons überlebender Sohn Johannes Hyrkanos wurde vor dem Anschlag auf sein Leben gewarnt. Er fing die Meuchelmörder ab, die ihn umbringen sollten, und übernahm an Stelle seines Vaters die Führung und das Amt des Hohenpriesters.

Josephus berichtet, Johannes Hyrkanos sei anfangs ein Schüler der Pharisäer gewesen und habe sie unterstützt. Allerdings hätten ihn die Pharisäer irgendwann getadelt, weil er der hohepriesterlichen Würde nicht habe entsagen wollen. Daraufhin sei es zum offenen Bruch gekommen. Hyrkanos erklärte die religiösen Vorschriften der Pharisäer für ungültig. Zusätzlich strafte er sie ab, indem er sich mit den Sadduzäern, den religiösen Gegnern der Pharisäer, verbündete.