Den Zenit ihrer Macht erreichte die Hasmonäerdynastie allerdings erst unter der Herrschaft seines Bruders Alexander Jannäus, der von 103 bis 76 v. u. Z. regierte.

Alexander Jannäus brach mit der bisherigen Politik und beanspruchte nicht nur die hohepriesterliche Würde, sondern rief sich auch unumwunden zum König aus. Die Konflikte zwischen den Hasmonäern und den Pharisäern verschärften sich und führten sogar zu einem Bürgerkrieg, in dem 50 000 Juden umkamen. Nachdem der Aufstand niedergeschlagen worden war, trat Jannäus wie ein heidnischer König auf und ließ 800 Aufrührer an den Pfahl schlagen. Bevor sie starben, wurden ihre Frauen und Kinder vor ihren Augen hingeschlachtet, während Jannäus offen mit seinen Konkubinen Gelage hielt.b

Ungeachtet seiner Feindschaft mit den Pharisäern war Jannäus ein pragmatischer Politiker. Er erkannte, daß die Pharisäer im Volk immer stärkeren Rückhalt genossen. Auf dem Sterbebett wies er seine Frau, Salome Alexandra, an, die Macht mit ihnen zu teilen. Jannäus hatte seine Frau statt seiner Söhne als Nachfolgerin für sein Königreich bestimmt.