Simons überlebender Sohn Johannes Hyrkanos wurde vor dem Anschlag auf sein Leben gewarnt. Er fing die Meuchelmörder ab, die ihn umbringen sollten, und übernahm an Stelle seines Vaters die Führung und das Amt des Hohenpriesters.

Die Politik der Expansion und Unterdrückung fortgesetzt

Zu Beginn sah sich Johannes Hyrkanos einer ernsten Bedrohung durch die syrischen Streitkräfte gegenüber, doch 129 v. u. Z. unterlag die Seleukidendynastie in einer Entscheidungsschlacht den Parthern. Welche Folgen hatte dieser Krieg für die Seleukiden? Wie der jüdische Gelehrte Menahem Stern schrieb, „brach das gesamte Gefüge des Königreiches nahezu zusammen“. Infolgedessen vermochte Hyrkanos „die politische Selbständigkeit Judäas voll wiederherzustellen und die Expansion nach verschiedenen Seiten voranzutreiben“. Tatsächlich gelang es ihm, sein Herrschaftsgebiet erheblich auszudehnen.

Nun, da von den Syrern nichts mehr zu befürchten stand, begann Hyrkanos, in Gebiete jenseits der Grenzen Judäas einzufallen und sie zu annektieren. Die Bewohner mußten sich zum Judentum bekehren, sollten ihre Städte nicht dem Erdboden gleichgemacht werden. Ein solcher Feldzug wurde gegen die Idumäer (Edomiter) geführt. Stern stellte dazu fest: „Deren Bekehrung war die erste Maßnahme dieser Art, denn sie betraf eine ganze Volksgruppe und nicht nur einzelne Individuen.“ Hyrkanos nahm auch Samaria ein und zerstörte den samaritanischen Tempel auf dem Berg Gerisim. Diese Politik der Zwangsbekehrung durch den Hasmonäerstaat beschreibt der Historiker Solomon Grayzel als eine paradoxe Kehrtwende: „Hier verstieß nun ein Enkel des Mattathias [der Vater des Judas Makkabäus] gegen die Religionsfreiheit — ebenjenes Prinzip, das die vorige Generation so heldenhaft verteidigt hatte.“

Pharisäer und Sadduzäer treten in Erscheinung

In dem Bericht über die Herrschaft des Hyrkanos behandelt Josephus erstmals den zunehmenden Einfluß der Pharisäer und der Sadduzäer.

Josephus berichtet, Johannes Hyrkanos sei anfangs ein Schüler der Pharisäer gewesen und habe sie unterstützt. Allerdings hätten ihn die Pharisäer irgendwann getadelt, weil er der hohepriesterlichen Würde nicht habe entsagen wollen. Daraufhin sei es zum offenen Bruch gekommen. Hyrkanos erklärte die religiösen Vorschriften der Pharisäer für ungültig. Zusätzlich strafte er sie ab, indem er sich mit den Sadduzäern, den religiösen Gegnern der Pharisäer, verbündete.