Etliche seiner Schüler fühlten sich durch die philosophischen Streitfragen jener Tage hin- und hergerissen. Um ihnen zu helfen, befaßte sich Origenes eingehend mit den verschiedenen philosophischen Richtungen, die das Denken dieser jungen Menschen formten. Er wollte seinen Schülern zufriedenstellende Antworten auf ihre philosophischen Fragen liefern.

In dem Bemühen, Bibel und Philosophie miteinander in Einklang zu bringen, trat Origenes für eine allegorische Bibelauslegung ein. Für ihn hatten biblische Aussagen ausnahmslos eine geistige Bedeutung, aber nicht unbedingt eine buchstäbliche. Wie ein Gelehrter bemerkte, konnte Origenes dadurch „alle möglichen unbiblischen Ideen in die Bibel hineinlesen, die in sein theologisches Konzept paßten, während er sich — zweifellos aus innerer Überzeugung — als besonders enthusiastischen und tiefgläubigen Deuter biblischer Gedanken bezeichnete“.

Ein Brief, den Origenes an einen seiner Schüler schrieb, gibt Einblick in seine Denkweise. Origenes wies darauf hin, daß die Israeliten aus ägyptischem Gold Geräte für den Tempel Jehovas angefertigt hatten. Darin sah er eine allegorische Bestätigung dafür, daß er getrost auf die griechische Philosophie zurückgreifen könnte, wenn er das Christentum lehrte. Er schrieb: „Wie nützlich waren den Kindern Israels doch die aus Ägypten mitgebrachten Güter, die die Ägypter nicht recht verwendet hatten, die Hebräer hingegen durch göttliche Weisheit für den Dienst Gottes gebrauchten.“ Origenes ermunterte seinen Schüler daher, „aus der Philosophie der Griechen das herauszuziehen, was dem Studium dienlich oder eine Vorbereitung für das Christentum wäre“.

Eine solche freizügige Bibelauslegung verwischte die Grenzen zwischen christlicher Lehre und griechischer Philosophie. In seinem Werk Vier Bücher von den Prinzipien schrieb Origenes beispielsweise, daß „Gott beständig Vater seines eingeborenen Sohnes ist, der zwar aus ihm geboren ist ..., doch ohne jeden Anfang“. Weiter heißt es dort: „(Diese) Zeugung ist ... ewig und immerwährend ... Denn nicht kraft einer Adoption durch den Geist wird er von außen her (kommend) zum Sohn, sondern von Natur aus ist er Sohn.“

Diese Vorstellung hatte Origenes nicht aus der Bibel, denn sie lehrt, daß Jehovas einziggezeugter Sohn „der Erstgeborene aller Schöpfung“ und „der Anfang der Schöpfung Gottes“ ist (Kolosser 1:15; Offenbarung 3:14). Wie der Religionshistoriker August Neander schrieb, gelangte Origenes durch seine philosophische Ausbildung in der platonischen Schule zu dem Konzept einer „ewigen Zeugung“. Origenes verstieß somit gegen das biblische Prinzip: „Geht nicht über das hinaus, was geschrieben steht“ (1. Korinther 4:6).

Durch die Verschmelzung biblischer Lehren mit griechischer Philosophie war Origenes’ Theologie mit Irrtümern durchsetzt, was für die Christenheit fatale Folgen hatte. Die wilden Spekulationen des Origenes wurden zwar später zum größten Teil verworfen, doch seine Auffassung von der „ewigen Zeugung“ Christi war wegbereitend für die unbiblische Dreieinigkeitslehre. In dem Buch The Church of the First Three Centuries heißt es: „Die [auf Origenes zurückgehende] Vorliebe für die Philosophie sollte nicht so bald erlöschen.“ Mit welchem Ergebnis? „Die Einfachheit des christlichen Glaubens ging verloren, und es schlichen sich unendlich viele Irrtümer in die Kirche ein.“