Josephus weiß noch von einem weiteren Aufruhr zu berichten. Für den Bau eines Aquädukts, über den Wasser aus einer Entfernung von ungefähr 40 km nach Jerusalem geleitet werden sollte, verwendete Pilatus Gelder aus dem Tempelschatz in Jerusalem. Große Menschenmengen protestierten dagegen, als er die Stadt besuchte. Pilatus schickte verkleidete Soldaten unter die Menge, die auf ein vereinbartes Zeichen über diese herfallen sollten. Die Folge war, dass es unter den Juden viele Verletzte und auch Tote gab (Josephus, Jüdische Altertümer, 18. Buch, Kap. 3, Abs. 2; Geschichte des Jüdischen Krieges, 2. Buch, Kap. 9, Abs. 4). Offensichtlich wurde das Projekt vollendet. Wie vielfach angenommen wird, war dieser Konflikt der Anlass, bei dem Pilatus ‘das Blut von Galiläern mit ihren Schlachtopfern vermischte’, worüber in Lukas 13:1 berichtet wird. Daraus scheint hervorzugehen, dass die Galiläer direkt im Tempelgebiet niedergemetzelt wurden. Es lässt sich nicht mit Sicherheit feststellen, ob es sich bei diesem Vorfall um das von Josephus geschilderte Ereignis handelte oder um eine andere Begebenheit. Da die Galiläer jedoch Untertanen von Herodes Antipas waren, dem Bezirksherrscher von Galiläa, könnte dieser blutige Zusammenstoß zumindest zu der Feindschaft beigetragen haben, die zwischen Pilatus und Herodes bis zu Jesu Verhör bestand (Luk 23:6-12).

Der jüdische Geschichtsschreiber Josephus berichtet, dass es Pilatus gleich nach seinem Amtsantritt mit seinen jüdischen Untertanen verdarb. Er sandte nachts Soldaten mit Feldzeichen, die das Bild des Kaisers trugen, nach Jerusalem. Dieses Vorgehen erregte großen Unwillen; eine jüdische Gesandtschaft reiste nach Cäsarea, um gegen die aufgestellten Feldzeichen zu protestieren und deren Entfernung zu verlangen. Nach fünftägigen Verhandlungen versuchte Pilatus, die Bittsteller einzuschüchtern, indem er ihnen drohte, sie durch seine Soldaten umbringen zu lassen. Da sich die Juden aber hartnäckig weigerten nachzugeben, sah er sich gezwungen, ihrer Forderung zu entsprechen (Josephus, Jüdische Altertümer, 18. Buch, Kap. 3, Abs. 1).

Josephus berichtet, dass Pilatus später wegen der Beschwerden, die die Samariter bei seinem unmittelbaren Vorgesetzten, dem Statthalter von Syrien, Vitellius, vorbrachten, abgesetzt wurde. Sie beschwerten sich, weil Pilatus eine ganze Anzahl Samariter hatte niedermetzeln lassen, die von einem Betrüger verleitet worden waren, sich auf dem Berg Gerisim zu versammeln in der Hoffnung, heilige Schätze freizulegen, die Moses dort angeblich verborgen hatte. Vitellius befahl Pilatus, sich nach Rom zu begeben, um vor Tiberius zu erscheinen, und ersetzte Pilatus durch Marcellus. Tiberius starb aber im Jahr 37 u. Z., während Pilatus noch unterwegs nach Rom war (Jüdische Altertümer, 18. Buch, Kap. 4, Abs. 1, 2).