Richtig bekannt wurden die Wiedertäufer zuerst in Zürich, und zwar um das Jahr 1525. Von jener Stadt aus gelangten ihre Glaubensansichten rasch in viele Teile Europas. Die Reformation hatte im frühen 16. Jahrhundert für einige Änderungen gesorgt, aber in den Augen der Wiedertäufer war sie nicht weit genug gegangen.

Aufgrund ihres Wunsches, zu den christlichen Lehren des ersten Jahrhunderts zurückzukehren, lehnten sie einen größeren Teil des römisch-katholischen Dogmas ab, als es Martin Luther und andere Reformatoren taten.

Die Wiedertäufer wurden mißverstanden, wie das auch bei den ersten Christen der Fall gewesen war. Wie diesen warf man ihnen vor, die bestehende Gesellschaftsordnung durcheinanderzubringen, die ‘bewohnte Erde aufzuwiegeln’ (Apostelgeschichte 17:6). In Zürich entzündete sich der Unmut der Obrigkeit, die mit dem Reformator Ulrich Zwingli verbunden war, insbesondere an der Weigerung der Wiedertäufer, Säuglinge zu taufen. Im Jahre 1527 ließ man Felix Manz, einen Führer der Wiedertäufer, auf brutale Weise ertränken und verfolgte die schweizerischen Wiedertäufer so erbittert, daß sie fast ausgelöscht wurden.

In Deutschland wurden die Wiedertäufer sowohl von Katholiken als auch von Protestanten schwer verfolgt. Gemäß einem im Jahre 1528 erlassenen kaiserlichen Befehl war an jedem, der ein Wiedertäufer wurde, die Todesstrafe zu vollziehen, und das ohne irgendein Gerichtsverfahren. Die Verfolgung in Österreich veranlaßte die meisten dort ansässigen Wiedertäufer, in Böhmen, Mähren und Polen und später in Ungarn sowie in Rußland Zuflucht zu suchen.