En cuestión de días se marchó a Inglaterra, pero diez semanas después volvió a Dublín para resolver unos asuntos pendientes a fin de mudarse permanentemente a Londres. Estando allí publicó un tratado para defender su postura en el que presentó pruebas bíblicas de por qué Jesús no podía ser el Dios supremo. Esto enfureció a los miembros de su anterior congregación de Dublín, quienes presentaron una queja formal.

El 14 de junio de 1703, Emlyn fue arrestado y llevado ante los tribunales de Dublín. En su obra True Narrative of the Proceedings (La historia verdadera del juicio) dijo haber sido condenado “por escribir un libro en el que, según algunos, [incurrió] en la blasfemia maliciosa de asegurar que Jesús no es igual a Dios el Padre”. El juicio fue una farsa: junto a los jueces se sentaron siete obispos de la Iglesia de Irlanda, y al acusado no se le permitió presentar defensa alguna.