WHISTON también es conocido —sobre todo entre los estudiosos de la Biblia— por haber traducido al inglés las obras de Flavio Josefo, historiador judío del siglo primero. Su libro Obras completas de Flavio Josefo contribuyó a que se comprendiera mejor la historia de los judíos y el mundo en el que vivieron los primeros cristianos.

A fin de ayudar a la gente a comprender mejor cómo era la vida en la época de los primeros cristianos, publicó en 1737 su traducción de las obras de Josefo, la cual no ha dejado de imprimirse desde entonces.