Muchos discípulos suyos se encaraban a las cuestiones filosóficas de la época, así que, con el propósito de brindarles respuestas satisfactorias, estudió con detenimiento las diversas escuelas de filosofía que moldeaban sus jóvenes mentes.

En un intento de conciliar la Biblia con la filosofía, confió de lleno en el método alegórico de interpretación, es decir, presupuso que las Escrituras tienen siempre un sentido espiritual pero no necesariamente uno literal. Según observó otro erudito, tal postura permitió a Orígenes “hallar en los Escritos Sagrados cualquier idea ajena a ellos que encajara con su propio sistema teológico, a la vez que afirmaba, sin duda con plena convicción, que era un intérprete fiel y entusiasta del pensamiento bíblico”.

Percibimos su mentalidad en una carta dirigida a uno de sus discípulos. En ella señaló que los israelitas fabricaron algunos utensilios del templo con el oro traído de Egipto, y en este hecho encontró un apoyo alegórico para justificar su empleo de la filosofía griega en la enseñanza del cristianismo. Escribió sobre “la utilidad de las cosas que los israelitas tomaron de Egipto, cosas [...] que los egipcios no usaban debidamente, y los hebreos, inspirados por la sabiduría de Dios, dedicaron a la religión de Dios”. Por consiguiente, Orígenes animó a sus alumnos a extraer “de la filosofía griega las materias que pudieran ser como iniciaciones o propedéutica para el cristianismo”.

Con su interpretación liberal de la Biblia se difuminaron los límites entre la doctrina cristiana y la filosofía griega. Por ejemplo, en su libro titulado Tratado de los Principios, Orígenes afirmó que Jesús era “el Hijo unigénito, quien había nacido [...], pero sin principio”. Y añadió que su “generación [es] desde siempre y eterna [...]. El Hijo no queda constituido como tal de una manera extrínseca, por adopción, sino que es verdaderamente Hijo por naturaleza [divina]”.

Tal idea no se halla en las Escrituras, pues estas enseñan que el Hijo unigénito de Dios es “el primogénito de toda la creación” y “el principio de la creación por Dios” (Colosenses 1:15; Revelación [Apocalipsis] 3:14). Según Augustus Neander, historiador de religión, Orígenes llegó al concepto de la “generación eterna” a través de su “educación filosófica en la escuela platónica”. De este modo quebrantó un principio bíblico fundamental: “No vayas más allá de las cosas que están escritas” (1 Corintios 4:6).

Al mezclar las enseñanzas bíblicas con la filosofía griega, la teología de Orígenes se contaminó con errores, lo que tuvo consecuencias nefastas para la cristiandad. Por ejemplo, aunque la mayoría de sus conjeturas infundadas se descartaron con el tiempo, sus puntos de vista referentes a la “generación eterna” de Cristo sentaron las bases para la doctrina antibíblica de la Trinidad. El libro The Church of the First Three Centuries (La Iglesia durante los primeros tres siglos) sostiene: “El gusto por la filosofía [introducido por Orígenes] no se desvanecería con facilidad”. ¿Con qué resultado? “Se adulteró la sencillez de la fe cristiana, y un torrente de errores inundó a la Iglesia.”