Josefo aún menciona otro alboroto: a expensas de la tesorería del templo de Jerusalén, Pilato construyó un acueducto para llevar agua a Jerusalén desde una distancia de casi 40 Km. Grandes multitudes vociferaron contra este acto cuando Pilato visitó la ciudad. Pilato envió soldados disfrazados para que se mezclasen entre la multitud y la atacasen al recibir una señal, lo que resultó en que muchos judíos muriesen o quedasen heridos. (Antigüedades Judías, libro XVIII, cap. III, sec. 2; La Guerra de los Judíos, libro II, cap. IX, sec. 4.) Al parecer se consiguió realizar el proyecto. A menudo se ha apuntado que este último conflicto fue la ocasión en que Pilato ‘mezcló la sangre de los galileos con sus sacrificios’, como se registra en Lucas 13:1. Esta expresión parece dar a entender que a estos galileos se les asesinó allí mismo, en el recinto del templo. No hay manera de determinar si este incidente tiene que ver con el que narra Josefo o si ocurrió en otra ocasión. Sin embargo, como los galileos eran súbditos de Herodes Antipas, el gobernante de distrito de Galilea, esta matanza puede haber sido al menos un factor que contribuyó a la enemistad existente entre Pilato y Herodes hasta el tiempo del juicio de Jesús. (Lu 23:6-12.)

Según el historiador judío Josefo, Pilato tuvo un mal comienzo en lo que respecta a las relaciones con sus súbditos judíos: de noche envió a Jerusalén soldados romanos que llevaban insignias militares con imágenes del emperador. Este suceso provocó un gran resentimiento, y una delegación de judíos viajó a Cesarea para protestar por la presencia de las insignias y exigir que las quitasen. Después de cinco días de discusión, Pilato intentó atemorizar a los que hicieron la petición, amenazándolos con que sus soldados los ejecutarían, pero la enconada negativa de aquellos a doblegarse le hizo acceder a su demanda. (Antigüedades Judías, libro XVIII, cap. III, sec. 1.)

Josefo informa que la posterior destitución de Pilato fue el resultado de las quejas que los samaritanos presentaron a Vitelio, gobernador de Siria y superior inmediato de Pilato. La queja tenía que ver con la matanza ordenada por Pilato de varios samaritanos a los que engañó un impostor, reuniéndolos en el monte Guerizim con la esperanza de descubrir los tesoros sagrados que supuestamente había escondido allí Moisés. Vitelio mandó a Pilato a Roma para comparecer ante Tiberio, y puso a Marcelo en su lugar. Tiberio murió en el año 37 E.C., mientras Pilato todavía estaba en camino a Roma. (Antigüedades Judías, libro XVIII, cap. IV, secs. 1 y 2.)