Sin embargo, cuando nos fijamos en sus creencias religiosas, esta avanzada civilización ofrece una imagen mucho menos atractiva. Para empezar, era un pueblo politeísta que adoraba todo tipo de cosas, como el Sol, la Luna, la lluvia y el maíz. Además, guiados por la superstición, los sacerdotes observaban los astros en busca de interpretaciones ocultas. Durante sus ritos quemaban incienso, empleaban imágenes y practicaban la automutilación, así como otras ceremonias sangrientas. También realizaban sacrificios humanos, particularmente de prisioneros, esclavos y niños.

El libro Los mayas: 3000 años de civilización señala que, en la actualidad, “los mayas veneran a sus antiguos dioses de la naturaleza y a sus antepasados en los campos, las cuevas y las montañas, [...] y al mismo tiempo adoran a los santos católicos en las iglesias”. Equiparan al dios Quetzalcóatl —o Kukulcán— con Jesús, y a la diosa de la Luna con la virgen María. También han sustituido el culto a la ceiba (un árbol considerado sagrado) con la veneración de la cruz. No obstante, ese antiguo culto todavía ejerce mucha influencia, pues los mayas riegan la cruz como si fuera un árbol y la decoran con flores de ceiba. Y a diferencia de la cruz católica tradicional, la suya no tiene una representación de Jesús.