Según la tradición, el propio Mahoma profetizó que sus fieles se dividirían en 72 sectas heréticas del islam, pero en la actualidad algunas autoridades hablan de varios centenares.

Las dos mayores divisiones son la de los chiitas y la de los sunnitas, las cuales cuentan, a su vez, con muchas subdivisiones. De cada cien musulmanes, unos ochenta y tres son sunnitas mientras que alrededor de quince son chiitas. El resto pertenece a diversos grupos sectarios, como los drusos, los musulmanes negros y los abangans de Indonesia, que mezclan el islam con el budismo, el hinduismo y las religiones locales.

Por ejemplo: el sufismo, término occidental para denominar el misticismo islámico, apareció en los siglos VIII y IX y rápidamente se convirtió en un movimiento religioso de las masas. Para el siglo XII las órdenes sufíes (hermandades) estaban muy diseminadas y el monasterio sufí casi llegó a eclipsar en importancia a la mezquita. Algunas prácticas del sufismo son el autohipnotismo inducido por técnicas de concentración o por danzas frenéticas, el salmodiar fórmulas, la creencia en los milagros y la adoración de santos.

Los sufíes transigieron ante las costumbres y creencias locales. Por esa razón, los turcos retuvieron sus prácticas chamanistas; los africanos, sus hechiceros; los indios, sus santos y deidades hindúes y prehindúes, y los indonesios —como dice The New Encyclopædia Britannica—, su “concepto del mundo preislámico debajo de una capa de prácticas islámicas”.

Una destacada secta de tiempos más recientes es la religión baha’i, que surgió del islam chiita a mediados del siglo XIX en Irán. Otra es una secta sunnita llamada ahmadiyya, que apareció a finales del siglo XIX en la India, cuando Mirza Gulam Ahmad, quien se proclamó a sí mismo profeta, profesaba ser una manifestación de Mahoma, Jesús resucitado y una encarnación del dios hindú Krisna. Enseñó que Jesús escapó de la muerte en el Gólgotha y huyó a la India, donde permaneció activo hasta su muerte a la edad de ciento veinte años.