Plus tard encore, le nom prit une connotation plus religieuse que raciale ou politique. Un “ Samaritain ” était un membre de la secte religieuse qui prospérait dans le voisinage de la Shekèm et de la Samarie antiques, et qui adhérait à certaines doctrines tout à fait différentes de celles du judaïsme. — Jean 4:9.

Certains considèrent que c’est la construction du temple samaritain sur le mont Guerizim, peut-être au IV^e siècle av. n. è., pour rivaliser avec celui de Jérusalem, qui marqua la séparation définitive des Juifs et des Samaritains ; d’autres pensent que la rupture de leurs relations eut lieu plus d’un siècle après. Quand Jésus commença son ministère, la brèche entre les deux peuples n’était pas réparée, bien que le temple de Guerizim ait été détruit environ un siècle et demi auparavant (Jean 4:9).