Quelques jours plus tard, il quittait Dublin pour se rendre en Angleterre. Au bout de dix semaines, il est retourné à Dublin pour régler certaines affaires, avec l’objectif de s’installer à Londres de façon permanente. Lors de ce séjour et dans l’espoir de défendre son point de vue, il a publié son Humble examen du récit biblique sur Jésus Christ (angl.). Il y démontrait clairement, Bible à l’appui, que Jésus ne pouvait pas être le Dieu suprême. Cela lui a valu les foudres de certains membres de son ancienne église, qui ont porté plainte.

Emlyn a été arrêté et traîné devant le Tribunal du Banc de la Reine à Dublin le 14 juin 1703. Dans son Récit authentique du procès (angl.), il déclare qu’on lui a reproché d’avoir « écrit et publié un livre dans lequel, dit-​on, j’avais de manière blasphématoire et malveillante affirmé [...] que Jésus Christ n’était pas égal à Dieu le Père ». Le procès n’a été qu’une mascarade. Sept évêques de l’Église d’Irlande siégeaient aux côtés des juges. Emlyn n’a pas été autorisé à parler pour sa défense.