Cependant, les pasteurs de Timor étaient résolus à éradiquer les Témoins de Jéhovah. En 1961, ils ont réussi à faire interdire la prédication de maison en maison en faisant pression sur le ministère des Affaires religieuses et les autorités militaires locales. Les frères ont donc simplement adapté leurs méthodes de témoignage : ils prêchaient sur les marchés et près des puits ; sur les plages, aux pêcheurs rapportant leurs prises ; et dans les cimetières, aux familles qui entretenaient les tombes de leurs proches. Au bout d’un mois, les autorités militaires sont revenues sur leur décision et ont annoncé à la radio que la liberté de religion était garantie à Timor. Quand le ministère des Affaires religieuses a maintenu que la prédication de porte en porte était interdite, les frères lui ont demandé de mettre sa décision par écrit. Le ministère a refusé. Les frères ont alors repris leur activité de maison en maison sans difficulté.

En 1960, un éminent théologien néerlandais de Jakarta a publié un livre qui taxait les Témoins de Jéhovah de faux chrétiens. Cet ouvrage a incité de nombreux ecclésiastiques à s’élever contre les frères. Par exemple, le clergé d’une certaine ville a écrit au ministère des Affaires religieuses en accusant les Témoins de « désorienter les membres de leur Église ». Invités par les autorités à répondre aux accusations, les frères ont présenté les faits et donné un bon témoignage. Un fonctionnaire croyant a conseillé à son collègue : « Laisse les Témoins de Jéhovah tranquilles. Ils réveillent les protestants endormis. »

En 1964, en Papouasie, un groupe de pasteurs a sollicité la commission parlementaire des Affaires religieuses et sociales pour faire interdire l’œuvre des Témoins de Jéhovah. La filiale a alors demandé à présenter sa défense devant la commission. Tagor Hutasoit a raconté : « Pendant près d’une heure, nous avons clairement expliqué en quoi consiste notre œuvre d’enseignement biblique. Un politicien protestant a accusé les Témoins de causer des troubles religieux en Papouasie. En revanche, la plupart des membres musulmans de la commission ont été bienveillants. Ils nous ont dit : “La Constitution garantit la liberté de religion, vous avez donc le droit de prêcher.” » Après l’audience, un haut fonctionnaire du gouvernement papou a déclaré : « Le nouveau gouvernement [...] confirme la liberté de religion et cela s’applique aussi aux nouvelles confessions. »