WHISTON est aussi connu, surtout par les étudiants de la Bible, pour avoir traduit en anglais les écrits de Flavius Josèphe, historien juif du I^er siècle. Les Œuvres de Josèphe nous en apprennent beaucoup sur l’histoire des Juifs et le monde dans lequel vivaient les premiers chrétiens.

En 1737, soucieux d’aider les gens à connaître le contexte historique des premiers chrétiens, il a publié sa traduction des écrits de Josèphe. Celle-ci continue d’être imprimée aujourd’hui.