Mais c’est sous le règne de son frère, Alexandre Jannée (103-​76 av. n. è.), que la dynastie va atteindre l’apogée de sa puissance.

Alexandre Jannée rompt avec la ligne de ses prédécesseurs en se proclamant ouvertement grand prêtre et roi. La lutte entre les Asmonéens et les Pharisiens se durcit et dégénère même en une guerre civile qui coûtera la vie à 50 000 Juifs. La rébellion matée, Jannée, dans un geste digne des rois païens, fait mettre au poteau 800 opposants, les obligeant à assister, pendant leur agonie, au massacre de leurs femmes et de leurs enfants, tandis que lui-​même festoie ostensiblement avec ses concubinesb.

Jannée est un politicien pragmatique. Sa haine des Pharisiens ne l’empêche pas de constater leur popularité croissante auprès du peuple. Aussi, sur son lit de mort, conseille-​t-​il à sa femme, Salomé Alexandra, de gouverner avec eux. Le choix qu’il a fait de Salomé pour lui succéder de préférence à ses fils se révèle judicieux :