Beaucoup de ses élèves se colletaient avec les idées philosophiques contemporaines. Voulant apporter des réponses satisfaisantes à leurs questions, il se livra à une étude approfondie des différentes écoles philosophiques.

Dans sa tentative pour réconcilier la Bible et la philosophie, Origène s’appuya fortement sur la méthode allégorique d’interprétation des Écritures. Il présupposait que l’Écriture avait toujours un sens spirituel, mais pas nécessairement un sens littéral. Comme l’a noté un spécialiste, cela lui permit “ de prêter à la Bible des idées non bibliques inhérentes à son propre système théologique, tout en se prétendant (et sans nul doute en se croyant sincèrement) un interprète particulièrement enthousiaste et fidèle de la pensée biblique ”.

Une lettre à l’un de ses élèves permet de mieux saisir sa vision des choses. Il souligne que les Israélites ont fabriqué des ustensiles pour le temple de Jéhovah avec de l’or égyptien, ce en quoi il voit une préfiguration de l’utilisation de la philosophie grecque dans l’enseignement du christianisme. Il parle de ce “ à quoi étaient utiles, pour les fils d’Israël, les objets reçus d’Égypte, objets dont les Égyptiens ne se servaient pas comme il le fallait, mais dont les Hébreux se servirent, grâce à la sagesse de Dieu, pour l’honorer ”. Origène encourage son élève à “ [prendre] de la philosophie grecque tout ce qui peut servir [...] pour introduire au christianisme ”.

Avec ce type d’interprétation très libre, la frontière entre la doctrine chrétienne et la philosophie grecque devient floue. Ainsi, dans son Traité des principes, Origène écrit que le Fils unique-engendré (le Monogène) est né de Dieu, mais “ sans aucun commencement ”. Cette génération est “ éternelle et perpétuelle ”. “ En effet le Fils ne devient pas tel du dehors, par l’adoption de l’Esprit, mais il est Fils par nature. ”

Origène n’a pas trouvé cette idée dans la Bible : les Écritures enseignent que le Fils unique-engendré de Jéhovah est “ le premier-né de toute création ” et “ le commencement de la création de Dieu ”. (Colossiens 1:15 ; Révélation 3:14.) Selon Augustus Neander, historien des religions, Origène est arrivé au concept de “ génération éternelle ” du fait de sa “ formation philosophique dans l’école platonicienne ”. Il a ainsi violé un principe biblique fondamental : “ N’allez pas au-delà de ce qui est écrit. ” — 1 Corinthiens 4:6.

En mêlant enseignements bibliques et philosophie grecque, Origène a introduit de nombreuses erreurs dans sa théologie, avec des conséquences désastreuses pour la chrétienté. Si beaucoup de ses spéculations effrénées furent plus tard rejetées, ses idées sur la “ génération éternelle ” du Christ contribuèrent à l’élaboration de la doctrine non biblique de la Trinité. “ Le goût pour la philosophie [introduit par Origène] n’était pas prêt de disparaître ”, lit-​on dans L’Église des trois premiers siècles (all.). Quelles en furent les conséquences ? “ La simplicité de la foi chrétienne fut corrompue et une multitude d’erreurs s’insinuèrent dans l’Église. ”