Dans le domaine religieux, en revanche, le tableau est sensiblement différent. Les Mayas étaient polythéistes ; ils adoraient les dieux du soleil, de la lune, de la pluie et du maïs, pour ne citer que ceux-là. Leurs prêtres observaient assidûment les astres. Le culte comprenait des pratiques telles que l’utilisation d’encens et d’images, l’automutilation, la saignée rituelle et les sacrifices humains, notamment de prisonniers, d’esclaves et d’enfants.

Au sujet des Mayas d’aujourd’hui, on lit dans Les Mayas : 3 000 ans de civilisation (angl.) : “ Les Mayas vénèrent leurs dieux antiques de la nature et leurs ancêtres dans des champs, des grottes et des montagnes [...] et ils adorent en même temps les saints à l’église. ” Ainsi, le dieu Quetzalcóatl, ou Kukulcán, est assimilé à Jésus, et la déesse de la lune à la vierge Marie. En outre, le culte du ceiba, arbre sacré, a été remplacé par la vénération de la croix, que l’on arrose d’eau comme on arrosait autrefois l’arbre. Au lieu de porter des représentations de Jésus, les croix sont décorées de fleurs de ceiba.