Pada usia 13 tahun, Aleksander memperoleh bimbingan dari Aristoteles, filsuf Yunani yang membantu dia mengembangkan minat akan filsafat, kedokteran, dan sains. Sejauh mana ajaran filosofis Aristoteles membentuk cara berpikir Aleksander masih menjadi bahan perdebatan. ”Satu hal yang pasti, mereka tidak sependapat dalam banyak hal,” demikian kesimpulan Bertrand Russell, seorang filsuf pada abad ke-20. ”Pandangan politik Aristoteles didasarkan atas konsep Yunani yaitu negara-kota (negara yang terdiri dari sebuah kota dan wilayah sekitarnya) yang sudah hampir ketinggalan zaman.” Konsep pemerintahan negara-kota yang kecil tidak menarik bagi seorang pangeran yang ambisius, yang berhasrat membangun imperium besar yang terpusat. Aleksander pasti juga meragukan prinsip Aristoteles yang menganggap orang non-Yunani sebagai budak, karena dia membayangkan suatu imperium dengan kemitraan yang semakin berkembang antara penakluk dan yang ditaklukkan.

Akan tetapi, hampir dapat dipastikan bahwa Aristoteles memupuk minat Aleksander untuk membaca dan belajar. Aleksander menjadi seorang kutu buku sepanjang hidupnya, dan khususnya sangat berminat akan tulisan-tulisan Homer. Kabarnya, dia bahkan hafal seluruh syair Iliad yang terdiri dari 15.693 baris.

Pendidikan oleh Aristoteles tiba-tiba terhenti pada tahun 340 SM, sewaktu pangeran berusia 16 tahun itu kembali ke Pella untuk mewakili bapaknya memerintah Makedonia.

Aristoteles dan muridnya, Aleksander