Merodakh-baladan konon memasuki Babilon dan mempermaklumkan dirinya sebagai raja pada saat Sargon II naik takhta di Asiria. Menurut Daftar Raja Babilonia, dalam aksi ini Merodakh-baladan mendapat dukungan dari orang-orang Elam, dan walaupun tak lama kemudian Sargon berupaya menyingkirkan dia dari Babilon, orang Khaldea itu dapat mempertahankan kedudukannya di sana selama kira-kira 12 tahun.

Daftar Raja Babilonia memperlihatkan bahwa ”Mardukaplaidin” memerintah lagi selama sembilan bulan (menurut Polihistor enam bulan) sebagai raja Babilon pada tahun kedua setelah kematian Sargon. Menurut anggapan orang pada umumnya, hal ini memaksudkan bahwa raja yang sama itu berupaya mengukuhkan dirinya di atas takhta Babilon untuk kedua kali. Akan tetapi, patut diperhatikan bahwa sehubungan dengan hal ini, dalam inskripsi-inskripsi Babilonia ia disebutkan sebagai ”Mardukaplaidin, penduduk asli Habi”, sedangkan sehubungan dengan pemerintahannya yang sebelumnya, ia disebut ”Mardukaplaidin, [dari] dinasti Laut Pedesaan”. (Ancient Near Eastern Texts, diedit oleh J. Pritchard, 1974, hlm. 272) Masa pemerintahannya yang kedua ini sangat singkat, karena Raja Sanherib dari Asiria segera menduduki Babilon, dan Merodakh-baladan harus mencari perlindungan di Elam. Kelihatannya, di sanalah ia harus mengakhiri kariernya yang ambisius.