Beberapa hari setelah itu, dia meninggalkan Dublin dan pindah ke Inggris. Akan tetapi, sepuluh minggu kemudian, dia kembali ke Dublin untuk menyelesaikan beberapa urusan agar dia bisa menetap di London. Karena ingin memberitahukan keyakinannya, selama berada di situ dia menerbitkan buku An Humble Inquiry Into the Scripture-Account of Jesus Christ. Dalam buku ini, dia memberikan bukti Alkitab yang jelas bahwa Yesus tidak mungkin Allah Yang Mahakuasa. Ini membuat para anggota gereja di Dublin marah. Mereka mengajukan tuntutan ke pengadilan.

Emlyn ditangkap lalu diadili di Dublin pada 14 Juni 1703. Dalam bukunya yang berjudul True Narrative of the Proceedings, Emlyn menyatakan bahwa dia didakwa ”karena menulis dan menerbitkan sebuah buku yang, katanya, mencela dan menghina Allah, dsb, bahwa Yesus Kristus tidak setara dengan Allah Sang Bapak”. Pengadilan itu sebenarnya hanyalah sandiwara. Tujuh uskup dari Gereja Irlandia duduk berderetan dengan para juri. Emlyn tidak boleh membela diri.