Selain rimbunnya tetumbuhan di sana, En-gedi juga sulit dicapai sehingga menjadi tempat persembunyian yang ideal bagi Daud sewaktu ia dikejar-kejar oleh Raja Saul. Maka, Alkitab berbicara tentang ”tempat-tempat yang sulit dicapai di En-gedi”. (1Sam 23:29) Dewasa ini, para pengunjung juga menceritakan adanya celah-celah gunung yang terjal dan berbahaya di daerah itu.

Gunung-gunung batu di En-gedi mempunyai banyak sekali gua yang luas. Daud dan anak buahnya mungkin bersembunyi dalam salah satu gua. (1Sam 24:3) Ada yang berpendapat bahwa ”kandang-kandang domba yang bertembok batu” tempat Saul berhenti mungkin memaksudkan gua-gua tersebut, dengan tembok kasar yang dibangun di depannya untuk memberikan perlindungan terhadap cuaca.—1Sam 24:2-10.