Persahabatan yang istimewa antara Yonatan dan Daud mulai terjalin tidak lama setelah Daud membunuh Goliat. Tentu, tindakan yang gagah berani untuk membela umat Yehuwa itulah yang menyentuh hati Yonatan. Setelah mendengar laporan Daud tentang hal itu, ”jiwa Yonatan menjadi terikat dengan jiwa Daud, dan Yonatan mulai mengasihi dia seperti jiwanya sendiri”. (1Sam 18:1) Dua pejuang yang gagah berani dan hamba Allah yang berbakti itu ”mengadakan suatu perjanjian” persahabatan. Yonatan dapat melihat bahwa Daud memiliki roh Yehuwa. (1Sam 18:3) Tidak seperti Saul, ia tidak iri hati dan tidak menganggap Daud sebagai saingan. Sebaliknya, respeknya terhadap cara Allah menangani segala sesuatu merupakan contoh yang bagus bagi sahabatnya yang lebih muda itu. Ia tidak mendukung hasrat Saul untuk membunuh Daud, tetapi memperingatkan Daud dan berupaya menjadi penengah. Ketika Daud terpaksa melarikan diri, Yonatan menemui dia dan mengadakan perjanjian yang menyatakan bahwa Daud akan melindungi dia dan keluarganya.—1Sam 19:1–20:17.

Yonatan kembali berbicara kepada Saul mengenai Daud, dan hal itu nyaris membuatnya kehilangan nyawa, karena Saul, dalam geramnya, melemparkan tombak ke arah putranya sendiri. Sesuai dengan kesepakatan, Yonatan, yang seakan-akan pergi untuk berlatih memanah, bertemu dengan Daud di padang. (1Sam 20:24-40) Kedua sahabat itu pun meneguhkan kembali ikatan kasih mereka dan ”saling mencium dan bertangisan”, sebagaimana menurut laporan, juga dilakukan pria-pria lain dan bahkan dilakukan di beberapa negeri dewasa ini. (1Sam 20:41; Kej 29:13; 45:15; Kis 20:37) Kemudian, Yonatan dapat bertemu dengan Daud untuk terakhir kalinya di Hores dan ia ”menguatkan hubungan Daud dengan Allah”; mereka meneguhkan perjanjian mereka.—1Sam 23:16-18.

Tidak ada petunjuk dalam Alkitab bahwa Yonatan menyertai ayahnya dalam perjalanan-perjalanan mengejar Daud. Akan tetapi, dalam peperangan melawan musuh Allah, orang Filistin, Yonatan bertempur mati-matian, dan akhirnya tewas bersama dua saudara laki-lakinya dan ayahnya pada hari yang sama. Orang Filistin menggantungkan mayat-mayat mereka pada tembok Bet-syan. Tetapi pria-pria yang gagah berani dari Yabes-gilead menurunkan dan menguburkan mayat-mayat mereka di Yabes. Kemudian Daud memindahkan tulang-tulang Saul dan Yonatan ke Zela. (1Sam 31:1-13; 2Sam 21:12-14; 1Taw 10:1-12) Daud merasa sangat sedih atas kematian sahabatnya, Yonatan, ia bahkan meratapi Saul dan Yonatan dengan melantunkan nyanyian ratapan yang berjudul ”Busur”. (2Sam 1:17-27) Raja Daud menunjukkan kebaikan hati yang istimewa kepada putra Yonatan yang timpang, Mefibosyet, yang berusia lima tahun pada waktu ayahnya tewas. Ia kemudian mendapatkan tempat yang permanen di meja raja. (2Sam 4:4; 9:10-13)

Bisa jadi, Saul khususnya menyukai sifat-sifatnya yang jantan. Mereka mempunyai hubungan yang sangat dekat. (1Sam 20:2) Tetapi hal ini tidak mempengaruhi gairah Yonatan bagi Allah dan keloyalannya kepada sahabatnya, Daud.