Berdasarkan kisah turun-temurun, ia pergi ke Efesus, dan di sana ia menulis Injilnya serta ketiga suratnya yang berjudul Surat Pertama, Kedua, dan Ketiga dari Yohanes, sekitar tahun 98 M.

Konon, ia meninggal di Efesus kira-kira pada tahun 100 M selama masa pemerintahan Kaisar Trayanus.