Inkwisisi dimulai sejak abad ke-11 dan ke-12, sewaktu beberapa kelompok yang menyimpang bermunculan dalam agama Katolik di Eropa. Tetapi misa untuk memperkenalkan Inkwisisi diadakan oleh Paus Lucius III pada Kebaktian Gereja Verona, di Italia, pada tahun 1184. Bekerja sama dengan Kaisar Agung Romawi Frederick I Barbarossa, ia menyatakan bahwa siapapun yang berbicara atau bahkan berpikir untuk menentang doktrin Katolik, akan dikucilkan oleh gereja dan sepatutnya dihukum oleh penguasa dunia. Uskup-uskup diperintahkan untuk mencari-cari (bahasa Latin, inquirere) orang-orang bidah. Inilah awal dari apa yang disebut Inkwisisi Episkopal (Keuskupan), yang berada di bawah kekuasaan uskup-uskup Katolik.

Maka, untuk beberapa waktu, ada dua Inkwisisi yang berjalan seiring, yaitu Inkwisisi Episkopal (Kepausan) dan Inkwisisi Legatine (Kedutaan), yang disebut belakangan lebih hebat dari yang pertama.