Meski begitu, pemimpin agama di Timor bertekad untuk menyingkirkan Saksi-Saksi Yehuwa. Pada tahun 1961, mereka berhasil menekan Departemen Agama dan kalangan militer untuk melarang pekerjaan dari rumah ke rumah. Jadi, saudara-saudara segera menyesuaikan metode pengabaran mereka. Mereka berbicara kepada orang-orang di pasar dan sumur, kepada nelayan yang membawa hasil tangkapan ke pantai, dan kepada keluarga yang datang ke tempat pemakaman. Satu bulan kemudian, kalangan militer memberi kelonggaran dan membuat pengumuman melalui radio yang menyatakan bahwa semua orang di Timor bebas memilih agama mereka sendiri. Tapi, Departemen Agama menyatakan bahwa pekerjaan dari rumah ke rumah masih dilarang, maka saudara-saudara meminta mereka menuliskan pernyataan tersebut. Para pejabat itu menolak. Setelah itu, saudara-saudara melanjutkan pekerjaan dari rumah ke rumah tanpa rintangan.

Pada tahun 1960, seorang teolog Belanda terkemuka di Jakarta menerbitkan buku yang menuduh bahwa Saksi-Saksi Yehuwa adalah orang Kristen palsu. Buku ini dijadikan senjata oleh banyak pemimpin agama untuk menyerang para Saksi. Misalnya, pemimpin agama di suatu kota menyurati Departemen Agama dengan tuduhan bahwa para Saksi ”membuat bingung anggota gereja mereka”. Saat pejabat itu mengundang saudara-saudara untuk menanggapi tuduhan itu, mereka menjelaskan kebenarannya dan memberikan kesaksian yang baik. Seorang pejabat yang taat beragama menasihati temannya, ”Biarkan saja Saksi-Saksi Yehuwa. Mereka sedang menyadarkan orang Protestan yang mengantuk.”

Pada tahun 1964, sekelompok pemimpin agama Protestan di Papua memohon Komite Parlemen Urusan Sosial dan Agama untuk melarang pekerjaan Saksi-Saksi Yehuwa. Kantor cabang diminta membuat pembelaan di hadapan komite. Saudara Tagor Hutasoit berkata, ”Kami berbicara dengan komite hampir satu jam dan menjelaskan pekerjaan pendidikan Alkitab kami. Seorang politisi yang menentang, yang beragama Protestan, menuduh kami memicu pergolakan agama di Papua. Tapi, kebanyakan anggota komite yang adalah orang Muslim menunjukkan rasa simpatinya terhadap kami. Mereka memberi tahu kami, ’Undang-Undang Dasar menjamin kebebasan beragama, jadi kalian punya hak untuk menginjil.’” Setelah pertemuan itu, pejabat pemerintah yang berpangkat tinggi di Papua mengumumkan, ”Pemerintahan yang baru . . . menjamin kebebasan beragama, dan ini berlaku juga bagi agama-agama yang baru.”