Yosefus menyebutkan huru-hara lain lagi. Sewaktu membangun sebuah akuaduk sepanjang kira-kira 40 km untuk menyalurkan air ke Yerusalem, Pilatus menggunakan uang dari perbendaharaan bait di Yerusalem. Massa berteriak-teriak menentang tindakan ini ketika Pilatus berkunjung ke kota itu. Pilatus kemudian mengutus prajurit-prajurit yang berpakaian sipil untuk membaur dengan kumpulan orang itu, dan setelah mendapatkan isyarat, mereka menyerang orang-orang itu sehingga banyak orang Yahudi terluka dan ada yang bahkan terbunuh. (Jewish Antiquities, XVIII, 60-62 [iii, 2]; The Jewish War, II, 175-177 [ix, 4]) Tampaknya proyek itu berhasil dirampungkan. Konflik yang disebut belakangan itu, sering diperkirakan sebagai peristiwa ketika Pilatus ’mencampurkan darah orang-orang Galilea dengan korban-korban mereka’, seperti yang dicatat di Lukas 13:1. Dari pernyataan ini tersirat bahwa orang-orang Galilea itu tampaknya dibunuh persis di wilayah bait. Tidak dapat dipastikan apakah insiden ini berkaitan dengan apa yang diceritakan oleh Yosefus atau apakah ini peristiwa yang berbeda. Akan tetapi, karena orang-orang Galilea berada di bawah Herodes Antipas, penguasa distrik Galilea, pembunuhan ini mungkin adalah salah satu faktor permusuhan antara Pilatus dan Herodes hingga saat Yesus diadili.—Luk 23:6-12.

Menurut sejarawan Yahudi, Yosefus, Pilatus memulai masa jabatannya dengan awal yang buruk, dalam hal hubungannya dengan orang-orang Yahudi di wilayah pemerintahannya. Ia mengutus prajurit-prajurit Romawi yang membawa panji-panji bergambar kaisar ke Yerusalem pada suatu malam. Tindakan ini membangkitkan kemarahan besar; suatu delegasi orang Yahudi mengadakan perjalanan ke Kaisarea untuk memprotes penempatan panji-panji itu di sana dan menuntut agar semua itu disingkirkan. Setelah pembicaraan selama lima hari, Pilatus berupaya menakut-nakuti para pemohon dengan mengeluarkan ancaman bahwa mereka akan dibunuh oleh para prajuritnya, tetapi akhirnya ia mengabulkan permohonan mereka karena mereka dengan gigih tetap menolak untuk mengalah.—Jewish Antiquities, XVIII, 55-59 (iii, 1).